דלקת חניכיים נגרמת ע"י הצטברות רובד חיידקים (פלאק).
הפלאק ואבן השן (אבנית) מצטברים על השיניים וגורמים לנפיחות, אודם, ריח רע והפרשות מהחניכיים.
החיידקים מהפלאק ואבן השן יחד עם הרעלנים המיוצרים על ידם פוגעים ברקמות סביב השיניים.
ידוע גם שקיימת נטייה תורשתית לפתח מחלת חניכיים במשפחות שסובלות מאותם מחלות.